Desktop Tower Defense é jogado em um mapa que se assemelha a uma área de trabalho de escritório. O jogador deve impedir que um número definido de inimigos, conhecidos no gênero como "creeps", chegue a um ponto específico no campo de jogo. Isso é realizado construindo e aprimorando torres que atiram, causam dano e matam os creeps inimigos antes que eles consigam atingir seu objetivo. Ao contrário de muitos outros jogos de tower defense, o caminho dos próprios creeps não é predefinido; em vez disso, as torres construídas determinam o caminho dos creeps, que escolhem o caminho mais curto que conseguem encontrar até a saída. O jogo não permite que o jogador torne uma saída completamente inacessível, mas as estratégias-chave giram em torno de guiar os creeps por corredores longos e sinuosos.