Em Voxel Bot você joga como um robô que precisa remover todos os cubos do nível. Saltando de cubo em cubo, você muda a cor dos cubos e, quando todos os cubos ficam roxos, você completa o nível. Para dificultar o seu objetivo, existem inimigos que você não pode tocar ou que tentam te pegar. Para tornar as coisas ainda mais desafiadoras, existem espinhos que atacam quando você fica parado por muito tempo em um cubo. Os níveis ficarão mais complexos à medida que o jogo avança. Novas mecânicas serão introduzidas, como um cubo verde que permitirá que você se mova mais longe, e um cubo que pode ser sólido ou não sólido ao pressionar um botão.